Fakultas Sains dan Teknologi (FST) Universitas Ibrahimy merupakan salah satu fakultas yang lahir dari semangat pengembangan ilmu pengetahuan umum berbasis nilai-nilai pesantren. Fakultas ini dibentuk sebagai langkah strategis untuk memperkuat kapasitas Universitas Ibrahimy dalam menjawab tantangan zaman di bidang sains dan teknologi serta meningkatkan kontribusinya dalam pembangunan nasional, khususnya di sektor-sektor strategis seperti perikanan, pertanian, teknologi informasi, dan kesehatan. Secara resmi, Fakultas Sains dan Teknologi berdiri berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 477/A4.1/HK/2018 Izin Penggabungan Akademi Manajemen Iformatika dan Komputer Ibrahimy di Kabupaten Situbondo, Akademi Perikanan Ibrahimy di kabupaten Situbondo, dan Akademi Kebidanan Ibrahimy di Kabupaten Situbondo menjadi Universitas Ibrahimy Sukorejo Situbondo di kabupaten Situbondo yang diselenggarakan oleh Yayasan Pondok Pesantren Salafiyah Syafi’iyah Sukorejo Situbondo yang dterbitkan pada tanggal 1 Februari 2018.
Cikal bakal pembentukan fakultas ini tidak dapat dilepaskan dari gagasan besar K.H. Fawaid As’ad Syamsul Arifin, pengasuh generasi ketiga Pondok Pesantren Salafiyah Syafi’iyah Sukorejo Situbondo. Beliau merupakan inisiator berdirinya perguruan tinggi berbasis pesantren yang menyelenggarakan pendidikan dalam bidang keilmuan umum melalui pendirian tiga akademi vokasi: Akademi Manajemen Iformatika dan Komputer Ibrahimy, Akademi Perikanan Ibrahimy, dan Akademi Kebidanan Ibrahimy. Inisiatif ini merupakan wujud nyata dari upaya melanjutkan citacita besar Ayahanda beliau, K.H. As’ad Syamsul Arifin (Pengasuh generasi kedua dan Pahlawan Nasional), yang sangat menginginkan agar para santri tidak hanya menguasai ilmu agama, tetapi juga mampu menguasai ilmu umum di berbagai bidang, seperti perikanan, pertanian, teknologi, hukum, kesehatan, dan ekonomi. Gagasan ini lahir dari visi keumatan yang kuat: membentuk insan “khairah ummah”, yaitu generasi santri yang unggul secara spiritual dan profesional, serta mampu berkontribusi nyata dalam kehidupan masyarakat luas.
Sebagai bagian dari visi besar tersebut, Program Studi D3 Budidaya Perikanan hadir sebagai salah satu program vokasi awal yang didirikan. Program ini resmi dibuka berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 189/D/O/2001 tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program-Program Studi dan Pendirian Akademi Perikanan Ibrahimy di Sukorejo Situbondo yang Diselenggarakan oleh Pondok Pesantren ―Salafiyah Syafi’iyah‖ Sukorejo Situbondo , tertanggal 26 September 2001, dan mulai menerima mahasiswa pada tahun akademik berikutnya. Program studi ini menjadi salah satu pionir dalam bidang pendidikan vokasi di lingkungan pesantren, yang diarahkan untuk menjawab kebutuhan dunia industri dan masyarakat pesisir, khususnya di wilayah Tapal Kuda Jawa Timur.
Sejak berdiri, Program Studi D3 Budidaya Perikanan secara konsisten mengembangkan pendekatan pendidikan vokasional berbasis praktik lapangan dan nilai-nilai pesantren. Keberadaannya sangat relevan dengan potensi lokal Kabupaten Situbondo sebagai daerah dengan garis pantai yang panjang, didukung ekosistem tambak udang dan bandeng yang terus berkembang. Dengan dukungan mitra seperti Balai Perikanan Budidaya Air Payau (BPBAP) Situbondo, para mahasiswa dibekali kemampuan teknis, manajerial, dan kepemimpinan sosial yang diperlukan di dunia kerja maupun dalam pengembangan usaha mandiri di bidang akuakultur.
Hingga saat ini, Program Studi D3 Budidaya Perikanan berada di bawah pengelolaan Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Ibrahimy, dan terus menunjukkan perkembangan dalam aspek kurikulum, sumber daya manusia, sarana prasarana, dan kerja sama. Pengembangan program studi ini merupakan bagian dari tekad institusi untuk menjawab tantangan pembangunan kelautan dan perikanan secara berkelanjutan, berbasis kearifan lokal, serta nilai-nilai Islam Ahlussunnah wal Jamaah yang menjadi pijakan utama pendidikan di Universitas Ibrahimy..